Citation: Odenthal-Hesse L (2025) Conserved features of recombination control in vertebrates. PLoS Biol 23(1):
e3002959.
https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002959
Published: January 7, 2025
Copyright: © 2025 Linda Odenthal-Hesse. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.
Funding: LOH has received financial support from the Max Planck Society. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.
Competing interests: The author has declared that no competing interests exist.
The discovery of the role of PRDM9 in orchestrating meiotic recombination was a breakthrough in understanding recombination regulation. The methyltransferase domain of PRDM9 places signaling beacons on histone residues, trimethylating histone 3 lysine 4 (H3K4me3) and histone 3 lysine 36 (H3K36me3), thus creating a double-positive mark outside the functional elements destined for transcription [1]. PRDM9 targets hotspots via its DNA-binding domain, which binds to specific DNA motifs found across the genome. As such, PRDM9’s role is to direct recombination away from promoters of meiotic transcription.
Meiotic recombination is initiated through double-stranded DNA breaks at the PRDM9 motif, which are repaired by an exchange of genetic material from the homologous chromosome. The sites of genetic exchange are concentrated in so-called recombination hotspots. If DNA-binding motifs differ due to sequence divergence between homologs, the motif with stronger binding affinity will preferentially receive an initiating double-stranded DNA break. As breaks are repaired by copying information from the unbroken homolog, over time, the initially stronger binding motifs (which will be cut more often) are preferentially replaced by weaker motifs (which are cut less often) [2]. As the strengths of hotspot motifs across the genome decrease over time, this phenomenon has been called hotspot erosion.
Paradoxically, new hotspots are activated at novel sites genome-wide due to the rapid evolution of the DNA-binding domain of the PRDM9 protein. This rapid evolution is due to 2 factors: the DNA-binding domain of PRDM9 is encoded by a hypervariable minisatellite with high de novo repeat instability [3], and there is strong positive selection on the positions involved in DNA binding.
The PRDM9 protein was initially thought to be essential for fertility, but, although a complete gene was present in the common ancestor of all vertebrates, PRDM9 has been lost at least 13 times independently, including in canids, amphibians, crocodilians, birds, and several fish species [4]. At least in yeast, plants, birds, and dogs, PRDM9-independent recombination shows unifying characteristics of high recombination rates at sites of open chromatin at promoter regions, including transcription start sites and at promoter-associated CpG islands.
PRDM9-dependent and independent recombination pathways can apparently coexist in scaly reptiles, as corn snakes use both promoter-associated hotspots and PRDM9-mediated recombination hotspots [5]. Furthermore, rattlesnakes preferentially place meiotic DSBs at promoter regions despite the presence of functional PRDM9 [6]. Therefore, a major gap in our understanding has been whether non-mammalian taxa with PRDM9 use it to drive the location of recombination events or whether hotspot determination by PRDM9 might be somewhat relaxed outside of mammals.
To address this knowledge gap, Raynaud and colleagues investigated the role of the Prdm9 gene in determining the location and rapid evolution of meiotic recombination hotspots in salmonid fish [7]. Salmonids are a diverse family of teleost fish that likely have PRDM9-mediated recombination, as the authors could show several salmonid species that possess a full-length copy of PRMD9 and all genes that tend to co-evolve with PRDM9. Multiple copies of PRDM9 are present in salmonids, originating from several whole-genome duplication events, and distinct lineages retained different paralogues as functional copies.
Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and Atlantic salmon (Salmo salar) showed high diversity in the DNA-binding zinc finger domain of the full-length PRDM9 paralog. High within-population diversity has been shown for mammals including humans, whales, and mice. In rainbow trout, recombination also clustered away from promoter regions, and hotspot sites were double-positive for histone modifications H3K4me3 and H3K36me3. The location of hotspots was dependent on the PRDM9 genotype of the fish, evidence for a direct role of PRDM9 in the specification of recombination hotspots in salmonids. Population-scaled recombination hotspot positions did not overlap fully, providing further evidence of recombination hotspot turnover and supporting the hypothesis of positive selection driven by the evolutionary “arms race” between PRDM9 and its binding sites. Taken together, the data collected by Raynaud and colleagues highlights that the 4 hallmark characteristics of PRDM9-mediated recombination (Fig 1) are present in salmonid fish and, therefore, not exclusive to mammals.
Fig 1. Functional PRDM9 in salmonids has 4 hallmark features.
(A) (I) Recombination hotspots that share common motifs, (II) rapid evolution and high variability in its DNA binding domain, (III) a double positive epigenetic H3K4 and H3K36 trimethylation signal, (IV) positional variation in hotspots between populations. PRDM9-independent recombination occurs at promoters with characteristic H3K4 trimethylation, and the positions of hotspots show evolutionary stability. (B) As the distinctive characteristics of PRDM9 were previously only known to exist in mammals, the results of Raynaud and colleagues thereby move the evolutionary origin of the dynamic hotspot placement by the PRDM9 protein to an earlier time than previously believed, indicated by an arrow connecting the dashed lines in a phylogenetic tree of representative species, where PRDM9 losses identified by [4] are indicated by stars. Created in BioRender. ODENTHAL-HESSE, L. (2024) https://BioRender.com/l11h793.
We still need to understand what makes an organism use the PRDM9-mediated pathway, which organisms can use promoter-associated open chromatin instead, and under which conditions. In particular, it remains to be studied whether these processes are driven by binding site erosion, for example, if the default pathways are activated when a critical threshold of low hotspot counts is crossed, and whether hotspot erosion is an evolutionary driver for activating efficient repair strategies in each lineage. This raises the question of how efficient DNA repair at functional elements and promoters can be achieved in different lineages and whether all these organisms can reactivate the same repair pathway—or whether each lineage has evolved lineage-specific strategies.
It will likely take studies in diverse organisms across the Tree of Life to understand how and why PRDM9-directed recombination, a genetically unstable mechanism, evolved in the first place.
ADVERTISEMENT:
Halo, para pengemar slot! pernahkah mendengar istilah “slot gaco”? jika tidak, bersiaplah jatuh cinta sama konsep ini. slot gacor merupakan mesin slots yang selalu kasih win. Ya, mesin-mesin ini bisa dibilang sebagai andalannya tuk bawa pulang hasil. but, cemana sih
tekniknya nemuin slot gacor yang benar? Tenang Bro, kita beri santai saja di tempat ini
Game terpopuler saat ini hanya satu berada Indonesia hanya di pasti memberikan return on Investment tertinggi
Daftar dengan di :
Informasi mengenai KING SLOT, Segera Daftar Bersama king selot terbaik dan terpercaya no satu di Indonesia. Boleh mendaftar melalui sini king slot serta memberikan hasil kembali yang paling tinggi saat sekarang ini hanyalah KING SLOT atau Raja slot paling gacor, gilak dan gaco saat sekarang di Indonesia melalui program return tinggi di kingselot serta pg king slot
slot demo gacor
slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun demo slot gacor
akun demo slot gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun slot demo gacor
akun slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun demo slot pragmatic
akun demo slot pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun slot demo pragmatic
akun slot demo pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun slot demo
akun slot demo permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
akun demo slot
akun demo slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kdwapp.com
slot demo gacor
slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun demo slot gacor
akun demo slot gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun slot demo gacor
akun slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun demo slot pragmatic
akun demo slot pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun slot demo pragmatic
akun slot demo pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun slot demo
akun slot demo permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
akun demo slot
akun demo slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jebswagstore.com
slot demo gacor
slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun demo slot gacor
akun demo slot gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun slot demo gacor
akun slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun demo slot pragmatic
akun demo slot pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun slot demo pragmatic
akun slot demo pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun slot demo
akun slot demo permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
akun demo slot
akun demo slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama demoslotgacor.pro
slot demo gacor
slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun demo slot gacor
akun demo slot gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun slot demo gacor
akun slot demo gacor permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun demo slot pragmatic
akun demo slot pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun slot demo pragmatic
akun slot demo pragmatic permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun slot demo
akun slot demo permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
akun demo slot
akun demo slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
situs slot terbaru
situs slot terbaru permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
slot terbaru
slot terbaru permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama situsslotterbaru.net
suara88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama suara88.biz
sumo7777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sumo7777.com
supermoney888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama supermoney888.biz
teratai88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama teratai88.biz
thor88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama thor88.biz
togelhk88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama togelhk88.net
topjitu88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama topjitu88.net
totosloto88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama totosloto88.com
trisula888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama trisula888.biz
udangbet88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama udangbet88.net
via88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama via88.biz
virusjp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama virusjp88.net
warga888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama warga888.biz
waw88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama waw88.biz
winjitu88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama winjitu88.net
wisdom88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama wisdom88.biz
wnitogel88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama wnitogel88.com
yoyo888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama yoyo888.biz
validtoto88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama validtoto88.com
sule999 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sule999.com
sule88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sule88.org
ss888bet permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama ss888bet.com
sia77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sia77.info
seluang88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama seluang88.com
satu88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama satu88.biz
satu777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama satu777.asia
rp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama rp88.biz
rp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama rp88.asia
rp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama rp77.live
qiuqiu88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama qiuqiu88.biz
pt88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pt88.org
pt77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pt77.info
produk88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama produk88.asia
mt88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama mt88.org
mt77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama mt77.biz
menang66 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama menang66.biz
latobet888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama latobet888.org
kedai96 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kedai96.org
kedai188 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kedai188.biz
ids88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama ids88.biz
hp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama hp88.org
hp77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama hp77.org
gm88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gm88.asia
gm77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gm77.net
final888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama final888.org
duit88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama duit88.asia
duit168 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama duit168.biz
divisi88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama divisi88.org
dewi500 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dewi500.biz
devil88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama devil88.info
cuputoto88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama cuputoto88.com
cukongbet88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama cukongbet88.asia
bom888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama bom888.biz
bintaro888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama bintaro888.info
askasino88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama askasino88.org
999aset permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama 999aset.com
afb77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama afb77.biz
aset99 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama aset99.biz
bendera77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama bendera77.biz
bendera888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama bendera888.com
coco88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama coco88.org
cuma77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama cuma77.biz
cuma88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama cuma88.org
dwv88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama dwv88.org
fafajp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama fafajp88.com
gemar88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gemar88.biz
gocap88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gocap88.info
gocaptoto permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama gocaptoto.asia
hakabet88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama hakabet88.com
hwtoto88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama hwtoto88.org
ina77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama ina77.biz
ina88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama ina88.info
jingga8888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama jingga8888.com
juragan777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama juragan777.asia
kastil77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kastil77.info
kebo888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kebo888.biz
kkwin77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kkwin77.com
kokoslot88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama kokoslot88.asia
luckydf88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama luckydf88.org
microstar888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama microstar888.biz
monperatoto88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama monperatoto88.com
mpo1122 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama mpo1122.biz
mpo122 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama mpo122.biz
mpopelangi88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama mpopelangi88.com
pamanslot88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pamanslot88.biz
panel88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama panel88.org
paragon77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama paragon77.biz
paragon888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama paragon888.info
pion77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama pion77.biz
prada88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama prada88.asia
prada888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama prada888.com
qqslot88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama qqslot88slot.com
rejekibet88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama rejekibet88.com
rezekibet88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama rezekibet88.org
sensa77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sensa77.biz
sensa888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sensa888.biz
singajp88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama singajp88.com
sr77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sr77.org
sr88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama sr88.org
surya77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama surya77.biz
surya88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama surya88.asia
tajir77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama tajir77.info
tajir88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama tajir88.biz
toto122 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama toto122.com
toto123 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama toto123.biz
uangvip88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama uangvip88.com
wajik77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama wajik77.asia
777neko permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama 777neko.org
88judi permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama 88judi.net
99judi permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama 99judi.org
abcslot88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama abcslot88.asia